
Grappes de thèses
Les cohortes de doctorant.e.s BRIDGES
Afin de faire émerger une nouvelle génération d’acteurs de l’océan, BRIDGES prévoit de financer et d’accompagner deux cohortes de doctorant.e.s.
Ces doctorant.e.s contribueront à relever les défis scientifiques de BRIDGES, en développant une recherche ancrée dans les réalités des sites ateliers. Ils et elles bénéficieront d’un environnement interculturel, interdisciplinaire et d’excellence scientifique, leur permettant de devenir des expert·e.s scientifiques capables de comprendre, gérer et transformer les systèmes socio-écologiques marins du sud-ouest océan Indien.
Grâce à la diversité de leurs profils et disciplines, ces doctorant.e.s pourront contribuer dans les milieux académique, politique, entrepreneurial ou associatif, en région SOOI et au-delà.
Parcours de formation des doctorant.e.s dans le cadre de BRIDGES
Les doctorant.e.s bénéficieront d’un parcours de formation intégré, obligatoire, combinant :
- Des formations scientifiques (ex : modélisation des systèmes socio-écologiques, observation, analyse intégrée),
- Des formations transversales (ex : communication, entrepreneuriat),
- Des ateliers de réseautage favorisant la collaboration et la co-construction entre pairs.
Grappe de thèses 2026
BRIDGES propose un appel en deux temps :
- Appel à sujets de thèses : durant cette première étape, les chercheurs proposent des sujets de thèses qu’ils souhaitent encadrer. Cet appel publié en novembre 2025 s’est clôturé en février 2026 par la sélection des 10 sujets de thèses détaillés ci-dessous.
- Appel à candidatures aux futurs doctorant.e.s : Le programme de recherche BRIDGES cherche désormais, depuis mi-avril 2026 des doctorants pour rejoindre la cohorte de la grappe de thèse 2026.
Calendrier de l’appel à candidatures aux futur.e.s doctorant.e.s
- Ouverture de l’appel à candidature
- A partir de la mi-avril 2026, les offres d’emploi pour chaque thèse seront publiées au fur et à mesure sur les plateformes de recrutement de l’IRD et du CNRS. Tous les liens seront directement accessibles ici, et cette page sera mise à jour régulièrement.
- Date limite de démarrage des contrats doctoraux : 31 octobre 2026
Pour toute information additionnelle, nous encourageons les candidat.e.s intéressé.es à se rapprocher des Directeur.ices de thèses.
FISHRUN
Rendre visible l’invisible : la pêche non commerciale dans la gestion des écosystèmes et des usages maritimes à La Réunion
Résumé (cliquez pour en savoir plus)
La pêche fournit de la nourriture et, dans les pays insulaires, produit plus de la moitié des protéines animales (FAO 2024). Les différences entre les cadres sectoriels de l’océan Indien et ceux d’autres bassins océaniques s’expliquent probablement par la forte dépendance de la région à l’égard de la pêche à petite échelle (Zeller et al., 2023).
La petite pêche côtière recouvre une grande diversité de situations et de pratiques, dont la plupart sont mal comprises et ne sont pas prises en compte dans les processus d’évaluation et de gestion. Elle peut pourtant représenter une part importante des pêcheurs, de l’effort de pêche et des captures. Quelles que soient les motivations et le statut de ces pêches (récréatives, de subsistance / formelles, informelles), il est essentiel de les prendre en compte afin de gérer de manière durable les ressources qu’elles exploitent. Cependant, l’intégration de ces activités jusqu’alors négligées dans les processus de gestion se heurte à plusieurs défis ; en effet, ces activités sont mal connues et les parties prenantes peuvent faire preuve de résistance face aux nouvelles réglementations.
À La Réunion, où l’on comptait en 2023 323 pêcheurs professionnels (Guyader et al., 2026), le nombre de pêcheurs récréatifs était estimé entre 30 000 et 40 000, cette activité étant pratiquée soit en bateau, soit depuis le rivage (Garnier, 2021).
Malgré cela, seules les activités de pêche commerciale font actuellement l’objet d’un suivi et d’une réglementation. De plus, l’évaluation de l’état des stocks halieutiques et le choix des mesures de gestion pour la pêche commerciale à La Réunion s’appuient exclusivement sur des données issues du secteur commercial. Or, de nombreuses études indiquent que la pêche récréative continue de se développer et exerce une pression au moins comparable à celle de la pêche commerciale sur les écosystèmes marins côtiers et pélagiques de l’île. Par ailleurs, si certaines anciennes pratiques illégales, telles que la pêche à l’explosif, ont été éradiquées, d’autres ont toujours cours et leur impact sur le socio-écosystème reste incertain, en particulier dans le contexte de la dégradation progressive des récifs coralliens induite par le changement climatique et de multiples facteurs de stress locaux. Ces tendances soulignent la nécessité d’intégrer la pêche non commerciale dans 1) une caractérisation plus précise des pratiques de pêche à La Réunion et 2) l’analyse de leurs impacts sur les écosystèmes marins, conjointement avec d’autres usages marins – en particulier la pêche commerciale – et les services rendus à la société, afin de 3) concevoir et évaluer des scénarios de gestion réalistes pour assurer la durabilité de la pêche et la résilience du socio‑écosystème marin de La Réunion.
Contacts (cliquez pour en savoir plus)
- Directrice de thèse : Stéphanie Mahévas – smahevas@ifremer.fr
- Co-encadrant : Thomas Claverie – thomas.claverie@univ-reunion.fr
Candidatez sur la plateforme de recrutement de l’EMR Santeco : https://umr-entropie.ird.nc/index.php/home/equipe/recrutements/fishrun-making-invisible-visible-non-commercial-fisheries-ecosystem-based-and-maritime-uses-management-la-reunion
EQOCEAN
Qui bénéficie de la conservation marine ? Évaluation de l’équité sociale dans le sud-ouest de l’océan Indien
Résumé
Les mesures de conservation marine sont désormais cruciales pour faire face au changement climatique, à la perte de biodiversité et aux engagements internationaux en faveur des écosystèmes marins, notamment l’objectif de protéger 30 % des zones marines d’ici 2030 dans le contexte du Cadre mondial de la biodiversité de Kunming-Montréal (Dawson et al., 2024). Parmi ces mesures, les aires marines protégées (AMP) constituent l’outil principal de la conservation marine et côtière (Andrachuk et al., 2025), en particulier dans le sud-ouest de l’océan Indien, où leur mise en œuvre implique une dynamique à plusieurs niveaux associant les États, les bailleurs de fonds, les organisations non gouvernementales, les chercheurs et les communautés locales.
Si les AMP peuvent générer des avantages écologiques et socio-économiques, un nombre croissant de travaux de recherche met en évidence leurs impacts sociaux négatifs. Ces impacts touchent de manière disproportionnée les petits pêcheurs, les ménages dirigés par des femmes et les communautés autochtones ou locales (Baker et al., 2023 ; Cinner et al., 2014 ; Hampton-Smith et al., 2024 ;), dans des contextes marqués par l’héritage colonial et les inégalités structurelles (Andrachuk et al., 2025 ; Hauck et al., 2014). Ces résultats invitent à se demander si l’équité sociale est bien intégrée dans les instruments de conservation, un aspect essentiel, car c’est cette équité qui garantit leur efficacité et leur légitimité (Jacquemont et al., 2022).
Ce projet de doctorat examine dans quelle mesure la conservation marine dans le sud-ouest de l’océan Indien intègre l’équité sociale et identifie les facteurs qui façonnent cette intégration. Il s’appuie sur trois hypothèses centrales portant sur la reconnaissance des systèmes de connaissances locaux, la participation inclusive aux processus de gouvernance et la reconnaissance juridique des droits coutumiers.
Le projet adopte une approche comparative à plusieurs niveaux, combinant l’analyse des cadres politiques, des dispositifs de gouvernance et des expériences vécues par les populations locales. Il s’appuie sur deux études de cas : la réserve naturelle marine de l’île de La Réunion et la réserve spéciale de Maputo, ainsi que la réserve marine partielle de Ponta do Ouro (Mozambique), pour lesquelles les données existantes et celles récemment collectées permettent une analyse à long terme des effets socio-écologiques. La méthodologie intègre l’analyse documentaire, des entretiens, des méthodes participatives et l’analyse comparative. Les résultats attendus comprennent une évaluation de l’intégration de l’équité sociale dans les politiques et pratiques de conservation, ainsi que la formulation de recommandations opérationnelles visant à renforcer l’efficacité, la justice sociale et la légitimité des AMP.
Contacts
- Directrice de thèse : Marie Bonnin – marie.bonnin@ird.fr
- Co-encadrante : Philile Mbatha – philile.mbatha@uct.ac.za
Candidatez sur la plateforme de recrutement de l’Université de Bretagne Occidentale : https://amethis.doctorat.org/amethis-client/prd/consulter/offre/2728
RIFSYCC
Comprendre la résilience des systèmes alimentaires insulaires face au changement climatique
Résumé
Les systèmes alimentaires insulaires sont de plus en plus vulnérables au changement climatique, à la dégradation de l’environnement et à une dépendance croissante vis-à-vis des produits alimentaires importés. Cette recherche vise à élaborer un cadre analytique permettant d’évaluer l’impact des aléas climatiques sur les systèmes alimentaires insulaires et d’identifier des pistes pour renforcer leur résilience. Le projet porte sur deux études de cas dans l’océan Indien occidental – Mayotte et l’Union des Comores – qui partagent une histoire coloniale commune, mais ont suivi des trajectoires socio-économiques et de gouvernance distinctes. Ces contextes contrastés offrent une occasion précieuse d’examiner comment les facteurs historiques, institutionnels et environnementaux influencent la résilience des systèmes alimentaires face aux chocs climatiques, tels que les cyclones.
Cette recherche adopte une approche multidisciplinaire des systèmes socio‑écologiques, combinant analyse historique, collecte de données mixtes (quantitatives et qualitatives) et techniques de modélisation. Des enquêtes auprès des ménages permettront d’évaluer les impacts des phénomènes climatiques extrêmes sur les moyens de subsistance liés à l’agriculture et à la pêche ; elles seront complétées par une analyse des tendances alimentaires, des statistiques commerciales, des données sur la production alimentaire et des entretiens avec les parties prenantes. Une analyse de la chaîne de valeur sera utilisée pour examiner la disponibilité et la distribution des aliments d’origine aquatique. Les réseaux commerciaux seront analysés à l’aide de modèles économétriques de gravité et d’indicateurs de centralité des réseaux afin d’évaluer comment les chocs climatiques perturbent la connectivité du système alimentaire. Des modèles de réseaux bayésiens intégreront des variables écologiques, socio-économiques et climatiques pour évaluer les vulnérabilités, les compromis et les scénarios politiques, en particulier en ce qui concerne les aires marines protégées, la gestion des pêches et les politiques commerciales.
Les résultats attendus comprennent une analyse historique comparative de l’évolution des systèmes alimentaires insulaires, des évaluations de la vulnérabilité établissant un lien entre les risques climatiques et la sécurité alimentaire et nutritionnelle, ainsi que des modèles prédictifs permettant d’identifier les seuils et les voies de résilience. Ces travaux évalueront également les synergies et les compromis entre la production alimentaire aquatique, la conservation de la biodiversité marine et l’adaptation au changement climatique. À terme, l’étude vise à formuler des recommandations de politiques fondées sur des données factuelles afin de soutenir des systèmes alimentaires insulaires résilients au changement climatique, adéquats sur le plan nutritionnel et souverains.
Contacts
- Directeur de thèse : Patrice Guillotreau – patrice.guillotreau@ird.fr
- Co-encadrant : Eddie (Edward) Allison – e.allison@cgiar.org
Candidatez sur la plateforme de recrutement de l’IRD : https://emploi-recrutement.ird.fr/offre-de-emploi/emploi-contrat-doctoral-en-economie-geographique-eco-du-developpement-f-h-_713.aspx
SWIOMPA
Planification intégrée des aires marines protégées pour favoriser à la fois la conservation de la biodiversité et la fourniture de services écosystémiques dans le sud-ouest de l’océan Indien
Résumé
Le sud-ouest de l’océan Indien abrite une biodiversité marine exceptionnelle, essentielle tant au maintien des processus écosystémiques qu’aux populations humaines, dont le bien-être et le mode de vie dépendent de la pêche. Cependant, la durabilité de ces systèmes socio-écologiques est de plus en plus menacée par la surpêche et le changement climatique. Dans ce contexte, les objectifs 30×30 du Cadre mondial de la biodiversité de Kunming-Montréal appellent à la mise en place de nouvelles aires marines protégées (AMP) dans un système qui dépasse les juridictions nationales.
Grâce à ce projet de thèse étroitement lié au programme BRIDGES, nous souhaitons contribuer à la fois à une meilleure conservation de la biodiversité, en identifiant les zones où créer ou renforcer des aires marines protégées sur le site régional BRIDGES, y compris les îles Éparses, et à une plus grande durabilité et une meilleure adaptation au changement climatique dans le secteur de la pêche artisanale. À cette fin, nous combinerons des informations sur la biodiversité, les activités humaines (notamment la pêche) et les liens écologiques entre les habitats marins. En étroite collaboration avec des chercheurs, des pêcheurs, et des décideurs locaux et régionaux, nous développerons des outils d’aide à la décision permettant de comparer différents scénarios d’aménagement du territoire afin d’évaluer leurs avantages conjoints pour la conservation et la pêche. L’objectif final est de proposer des solutions de transition vers la durabilité qui soient efficaces, réalistes et adaptées aux défis régionaux.
Contacts
- Directeur de thèse : ignacio.palomo@univ-grenoble-alpes.fr
- Co-encadrant : Pierre Brasseur – pierre.brasseur@univ-grenoble-alpes.fr
Candidatez sur la plateforme de recrutement du CNRS : https://emploi.cnrs.fr/Offres/Doctorant/UMR5001-ELSGEN-048/Default.aspx
LEK-IG Mayotte
Connaissances écologiques locales et gouvernance interactive dans la pêche à petite échelle à Mayotte
Résumé
La pêche artisanale joue un rôle central dans les moyens de subsistance côtiers, la sécurité alimentaire et la conservation de la biodiversité marine ; pourtant, les savoirs et les pratiques des pêcheurs sont souvent insuffisamment pris en compte dans les cadres de gouvernance. Ce projet de thèse explore les interactions entre les savoirs écologiques locaux, les pratiques de pêche artisanale et les institutions de conservation à Mayotte, un territoire français d’outre-mer caractérisé par un contexte postcolonial, une grande valeur écologique et des tensions sociales persistantes. Malgré la création du Parc naturel marin de Mayotte en 2010, les politiques de conservation sont souvent perçues comme imposées d’en haut et mal adaptées aux réalités locales, ce qui engendre des conflits, un respect limité des règles et des inefficacités de gouvernance.
Le projet aborde la question de recherche principale suivante : comment les relations entre les savoirs écologiques locaux, les pratiques de pêche artisanale et les institutions de conservation conditionnent-elles les possibilités d’une gouvernance marine plus inclusive et adaptative ? S’inspirant du concept de gouvernance interactive, le projet examine à la fois le « système à gouverner » (pêcheurs, pratiques et dynamiques socio-écologiques) et le « système de gouvernance » (règles, institutions et instruments de gestion), ainsi que leurs interactions dans les socio-écosystèmes lagunaires – platiers récifaux, herbiers marins et habitats côtiers adjacents – à l’interface entre les dynamiques écologiques, les moyens de subsistance et les relations de pouvoir. Sur le plan méthodologique, cette thèse combine l’ethnographie institutionnelle, l’analyse ethno-géographique et des approches participatives. Elle documente les savoirs, les pratiques spatiales et les stratégies d’adaptation des pêcheurs à travers des profils divers et marginalisés ; elle analyse la manière dont les écosystèmes et les ressources sont conceptualisés, gérés et contestés ; et elle observe la co‑construction de savoirs et de scénarios de gestion lors des ateliers BRIDGES. Au‑delà de la documentation de « quelles » connaissances existent, le projet met l’accent sur « qui » détient ces connaissances, « comment » elles sont mobilisées et le rôle des pêcheurs dans les instances décisionnelles, offrant ainsi un aperçu des asymétries de pouvoir et des dynamiques de gouvernance. Les contributions attendues comprennent l’amélioration de l’observation socio-écosystémique, l’éclairage de l’évaluation de la vulnérabilité et des risques, et le soutien à la co‑construction de voies de gouvernance adaptées au contexte.
Cette thèse devra produire des recommandations concrètes pour les politiques de conservation, la gestion participative et l’atténuation des conflits, pertinentes pour les communautés de pêcheurs, les gestionnaires de parcs et les autorités locales à Mayotte et dans d’autres territoires côtiers du sud-ouest de l’océan Indien. Elle devra également déboucher sur des enseignements méthodologiques transférables, reliant les dimensions écologiques, sociales et de gouvernance afin de favoriser une gouvernance marine adaptative, inclusive et résiliente.
Contacts
- Directeur de thèse : brice.trouillet@univ-nantes.fr
Candidatez sur la plateforme de recrutement du CNRS : https://emploi.cnrs.fr/Offres/Doctorant/UMR6554-BRITRO0-002/Default.aspx
COASTAL
Facteurs de stress cumulatifs sur le continuum terre-mer : un cadre intégré corail-éponge pour la gestion spatiale des socio-écosystèmes lagunaires.
Résumé
La lagune de Mayotte abrite une grande biodiversité, assure la protection du littoral et soutient la pêche artisanale, essentielle à la sécurité alimentaire locale. Pourtant, ce socio-écosystème multifonctionnel est de plus en plus menacé par des pressions cumulées sur les terres et les bassins versants (sédimentation, enrichissement en nutriments, polluants chimiques et contamination microbienne), une situation aggravée par le changement climatique et de récents événements extrêmes tels que le blanchissement massif de 2024 suivi d’un cyclone. Malgré les efforts de surveillance en cours, les évaluations des récifs restent largement basées sur des indicateurs à l’échelle communautaire (par exemple, la couverture corallienne), qui ne détectent souvent les dégradations qu’une fois qu’elles sont visibles, ce qui ne permet pas de bien caractériser les processus de vulnérabilité précoces et chroniques. De plus, les mesures de protection existantes restent limitées et ne sont pas structurées pour préserver la multifonctionnalité globale des écosystèmes lagunaires.
Ce projet de doctorat vise à développer un cadre intégré « continuum terre-mer » afin d’évaluer comment les pressions cumulées d’origine terrestre influencent la vulnérabilité des coraux constructeurs de récifs et des espèces d’éponges marines jouant le rôle de sentinelles à Mayotte. Nous émettons l’hypothèse que les récifs exposés à des pressions cumulées plus élevées provenant des bassins versants présentent une déstabilisation détectable du microbiome et un stress physiologique avant dégradation à l’échelle de la communauté. En combinant la cartographie spatiale des pressions, la surveillance saisonnière sur le terrain, la caractérisation du microbiome, les biomarqueurs écophysiologiques et des expériences contrôlées, le projet identifiera des bioindicateurs d’alerte précoce quantitatifs et validera les relations causales entre les pressions et les réponses. Structuré autour de quatre axes, le programme de recherche BRIDGES (i) élaborera des indices de pression cumulative et de résilience sur les gradients bassin versant-récif, (ii) évaluera les réponses biologiques à plusieurs échelles (communautaire, individuelle et populationnelle) sur des sites contrastés, (iii) validera expérimentalement les principaux facteurs de stress et biomarqueurs et (iv) produira des gradients de vulnérabilité et des cartes spatialement explicites intégrant les utilisations des lagons, en particulier la pêche artisanale, afin de soutenir la gestion adaptative. Le projet met en œuvre l’intégration terre-mer au sein du programme BRIDGES en renforçant les observatoires intégrés (TP2), en développant des outils de gestion basés sur la résilience et spatialement explicites (TP4), et en favorisant l’élaboration d’une gouvernance conjointement avec les parties prenantes locales (TP6). En reliant les pressions cumulatives, les mécanismes biologiques et les outils de gestion spatiale, il fournit des diagnostics de vulnérabilité transférables pour Mayotte et d’autres territoires de la région. Au‑delà des avancées pour la recherche, cette thèse fournira des indicateurs exploitables et des diagnostics spatiaux pour aider à hiérarchiser les priorités en matière de conservation et à guider la gouvernance adaptative des lagons, contribuant ainsi à la résilience des socio-écosystèmes des récifs coralliens face à l’accélération du changement climatique mondial.
Contacts
- Directeur de thèse : Elliott Sucré – elliott.sucre@univ-mayotte.fr
- Co-encadrante : Héloïse Rouzé – heloise.rouze@ird.fr
BRIDGHEAT
Vagues de chaleur marines et pêcheries pélagiques côtières dans l’océan Indien Sud-Ouest
Résumé
Ce projet de doctorat BRIDGES vise à relever le défi crucial consistant à comprendre l’impact des vagues de chaleur marines (VCM) sur les pêcheries pélagiques côtières dans l’océan Indien Sud-Ouest (OISO), en particulier aux Comores et à Mayotte. Les vagues de chaleur marines – périodes prolongées de températures de surface de la mer anormalement élevées – ont considérablement augmenté en fréquence, en durée et en intensité à l’échelle mondiale. L’OISO a connu une activité de VCM importante, avec des effets en cascade dans les réseaux trophiques marins et des impacts particulièrement aigus dans les eaux tropicales, où les espèces ont presque atteint leurs limites de tolérance thermique.
Problématique de recherche : Alors que la pêche industrielle au thon a fait l’objet d’une attention considérable, la pêche artisanale à petite échelle reste peu étudiée malgré son importance fondamentale pour les moyens de subsistance côtiers, la sécurité alimentaire et les économies locales. Cette pêche cible principalement des espèces de petits thons et de voiliers qui réagissent rapidement aux changements environnementaux, ce qui a des répercussions complexes sur la disponibilité des ressources pour les communautés de pêcheurs. Cette recherche, qui comble des lacunes critiques à la croisée de la science du climat, de l’écologie halieutique et de la gouvernance, examine comment les VCM affectent la disponibilité des espèces et leur capturabilité, tant par des effets physiologiques directs que par des impacts indirects sur la dynamique des proies.
Approche de recherche : Le projet recourt à une méthodologie mixte intégrant des analyses quantitatives de l’environnement et de la pêche à une étude qualitative des systèmes socio-écologiques, articulée en trois volets interdépendants. Le volet 1 caractérise les régimes côtiers de VCM à l’aide de données satellitaires sur la température de surface de la mer, d’observations in situ et de projections climatiques régionales. Le volet 2 analyse les relations entre les caractéristiques de VCM et les données sur les captures artisanales par le biais d’analyses de séries chronologiques et de modélisation de la répartition des espèces. Le volet 3 contribue à la gouvernance adaptative dans le PC5 par l’engagement des parties prenantes et l’élaboration conjointe de recommandations de gestion. La recherche permettra de produire ou de contribuer à un atlas régional des VCM, à la quantification des relations entre le climat et la pêche, ainsi qu’à des propositions de gouvernance fondées sur des données probantes.
Partenariats locaux : Le projet de collaboration de recherche Nord-Sud repose sur les principes d’équité et de coproduction des connaissances. Des partenariats locaux clés seront mis en place aux Comores et à Mayotte. Ces partenariats sont essentiels pour la collecte de données, l’engagement participatif des communautés de pêcheurs et pour garantir l’équité de la recherche et sa pertinence par rapport aux contextes locaux. Le projet vise à recruter un candidat local de préférence et s’engage à renforcer les capacités de recherche régionales par le biais de séminaires locaux, de programmes de formation et du développement collaboratif des connaissances. Cette approche veille à ce que les travaux abordent les véritables défis de gouvernance tout en mettant en place des structures durables d’aide à la décision pour la gestion des pêches côtières face à l’intensification du stress climatique.
Contacts
- Directeur de thèse : Alexandre Ganachaud – alexandre.ganachaud@ird.fr
- Co-encadrants : Aurore Receveur – aurore.receveur@ird.fr & Rakamaly Madi Moussa – rakamaly.madimoussa@univ-mayotte.fr
Candidatez sur la plateforme de recrutement de l’IRD : https://emploi-recrutement.ird.fr/offre-de-emploi/emploi-contrat-doctoral-vagues-de-chaleur-et-pecheries-pelagiques-cotieres-f-h-_715.aspx
EPIREEF
ADN environnemental quantitatif et épigénétique pour la surveillance et l’évaluation des récifs
Résumé
Les écosystèmes des récifs coralliens rendent des services écosystémiques essentiels : ils protègent le littoral, et assurent le cycle des nutriments, le maintien de la biodiversité et des ressources halieutiques. Pourtant, ils sont de plus en plus menacés par le changement climatique, l’acidification des océans, la pollution et le développement côtier. La surveillance de la santé des écosystèmes récifaux et de l’état des populations d’espèces clés constitue donc une priorité scientifique et de gestion majeure dans l’océan Indien occidental. L’ADN environnemental (eDNA) est devenu un outil puissant et non invasif pour la surveillance de la biodiversité, permettant la détection d’espèces à partir d’échantillons d’eau. Cependant, passer de la détection des espèces à l’évaluation quantitative des populations reste l’un des principaux défis de l’écologie moléculaire.
Le projet de doctorat EPIREEF vise à développer et à valider des approches innovantes combinant des données quantitatives d’ADN environnemental (eDNA) et des informations épigénétiques afin de déduire des indicateurs à l’échelle de la population pour une espèce clé associée aux récifs, le concombre de mer Stichopus chloronotus. La question centrale de la recherche est de savoir si l’ADN environnemental peut aller au-delà de la simple détection des espèces pour quantifier l’état de santé des populations récifales exploitées. Deux objectifs principaux structureront la recherche. Premièrement, le projet vérifiera s’il est possible d’estimer l’abondance des populations à l’aide de l’ADN environnemental en calibrant les mesures obtenues par PCR numérique en gouttelettes (ddPCR) par rapport à des estimations de densité indépendantes issues d’images de drones et d’études visuelles menées sur des sites présentant des densités de population et des pressions anthropiques contrastées. Deuxièmement, il cherchera à déterminer si des marqueurs de méthylation de l’ADN associés à la taille corporelle et au sexe peuvent être identifiés à partir de l’ADN tissulaire, puis détectés dans l’ADN environnemental méthylé afin de déduire la structure de la taille de la population et le rapport des sexes.
Le projet combine prélèvements sur le terrain, expériences contrôlées, analyses moléculaires et modélisation écologique. Les travaux sur le terrain seront menés sur plusieurs sites de l’océan Indien occidental, notamment l’île de La Réunion, Mayotte et les Îles Éparses, en collaboration avec les gestionnaires d’aires marines protégées et les programmes de surveillance régionaux, dans le cadre du projet INTERREG NET-IT. En intégrant l’écologie moléculaire, l’épigénétique, la bio-informatique et les approches de surveillance des récifs, cette thèse de doctorat contribuera au développement d’outils de surveillance transférables et non invasifs.
En cas de succès, EPIREEF démontrera la faisabilité de l’obtention d’indicateurs écologiques au niveau des populations à partir d’échantillons d’eau et fournira des outils opérationnels pour la surveillance et la gestion des écosystèmes récifaux. Le projet se situe à l’interface entre la recherche fondamentale et la conservation fondée sur des données probantes, contribuant ainsi à l’innovation en matière de surveillance marine et au renforcement des capacités dans l’océan Indien occidental.
Contacts
- Directeur de thèse : Serge Bernard – serge.bernard@lirmm.fr
- Co-encadrant : Sylvain Bonhommeau – sylvain.bonhommeau@ifremer.fr
ACCRO
Utilisation de la télémétrie acoustique pour éclairer la gestion spatiale : connectivité des espèces de poissons et de requins exploitées dans des régimes de protection contrastés du sud-ouest de l’océan Indien
Résumé
De nombreuses espèces marines, en particulier les top- et méso-prédateurs très mobiles, effectuent des déplacements sur de longues distances indépendamment des frontières nationales ou des zones de gestion spatiales telles que les aires marines protégées (AMP). Cette connectivité écologique, déterminée par les déplacements des adultes et la dispersion larvaire, joue un rôle clé dans la dynamique des populations, leur résilience et leurs réponses à l’exploitation halieutique. Lorsque les stratégies de gestion ne tiennent pas compte de ces liens spatio-temporels, l’efficacité des mesures de conservation et de gestion des pêcheries peut être compromise. Bien que les outils de gestion spatiale (Area-Based Management Tools, ABMTs) contribuent déjà à optimiser cette gestion des ressources, la plupart des AMP ne sont pas conçues pour maintenir la connectivité écologique, et de nombreux habitats essentiels pour les espèces mobiles demeurent non protégés.
Le sud-ouest de l’océan Indien (SOOI) constitue un point chaud mondial de biodiversité soumis à une pression anthropique croissante qui nécessite l’amélioration des systèmes de gestion à des échelles transfrontalières. La télémétrie acoustique, aujourd’hui largement utilisée pour suivre les animaux aquatiques sur de vastes échelles spatiales, constitue un outil puissant pour mesurer la connectivité écologique. Cependant, les analyses multi-espèces et multi-échelles restent encore rares.
Ce projet vise à intégrer des données de déplacement d’espèces exploitées et menacées – notamment des requins, des carangues, des wahoos et des tortues marines – à l’échelle du sud-ouest de l’océan Indien. En s’appuyant sur des données existantes (plus de 300 individus marqués incluant plus de deux millions de détections) ainsi que sur des données collectées auprès de 250 individus supplémentaires, il cible trois objectifs principaux : (1) quantifier la connectivité entre les AMP du Mozambique et d’Afrique du Sud ; (2) modéliser les distributions futures des espèces sous différents scénarios climatiques et de pression de pêche afin de concevoir des réseaux d’AMP plus efficaces ; et (3) étendre ces analyses à l’échelle régionale en intégrant des sites supplémentaires aux Comores et à Europa. En reliant l’écologie des déplacements à fine et large échelles aux cadres de gouvernance régionale, ce projet vise à optimiser la gestion spatiale transfrontalière et à renforcer les stratégies de conservation marine dans le sud-ouest de l’océan Indien.
Contacts
- Directeur de thèse : Jérôme Bourjea – jerome.bourjea@ifremer.fr
- Co-encadrante : Taryn Murray – ts.murray@saiab.nrf.ac.za
Candidatez sur la plateforme de recrutement du CNRS : https://emploi.cnrs.fr/Offres/Doctorant/UMR9190-JERBOU-001/Default.aspx
MOSAIC
Évaluation multidimensionnelle de l’algoculture aux Comores : sélection des espèces, aptitude des sites, capacité de charge et faisabilité socio-économique
Résumé
L’algoculture constitue une voie prometteuse pour diversifier les moyens de subsistance des populations côtières et renforcer la résilience du système alimentaire dans l’océan Indien occidental (OIO) ; pourtant, aux Comores, l’aquaculture marine n’est pas encore implantée et ne dispose pas d’un cadre de planification fondé sur des données scientifiques. Ce projet de doctorat (MOSAIC) vise à concevoir une feuille de route opérationnelle pour Mohéli (Comores) qui soit écologiquement durable, socio-économiquement viable et directement utilisable par les décideurs et les communautés côtières. Menée par un doctorant comorien dans le cadre du programme BRIDGES, cette thèse combine les dimensions écologiques, spatiales, économiques et de gouvernance au sein d’un cadre intégré unique.
Les recherches s’articulent autour de cinq objectifs : (1) sélectionner et classer les espèces d’algues candidates par ordre d’importance ; (2) identifier et cartographier les zones favorables au développement de l’algoculture ; (3) estimer les niveaux de capacité de charge écologique pour les espèces et les sites sélectionnés ; (4) évaluer la faisabilité socio-économique et les conditions de gouvernance ; et (5) mettre en œuvre un essai d’élevage expérimental afin de générer des données de performance locales et d’affiner les résultats de la planification. Une approche de sélection des espèces par étapes combinera la synthèse des connaissances régionales (Comores et territoires voisins de l’océan Indien occidental) avec une vérification sur le terrain à Mohéli à l’aide d’études écologiques standardisées et d’une identification taxonomique. La cartographie de l’aptitude utilisera une analyse multicritères (MCA/AHP) basée sur le SIG, intégrant des couches environnementales, socio-économiques et réglementaires afin de délimiter les zones prioritaires et les zones d’exclusion/de contrainte. L’évaluation de la capacité de charge permettra d’estimer les niveaux de biomasse de précaution et de superficie agricole compatibles avec les limites écologiques locales. L’analyse socio-économique utilisera des méthodes mixtes (questionnaires, entretiens, groupes de discussion) pour évaluer la faisabilité financière, les contraintes d’adoption et les conditions de gouvernance favorables. Un essai expérimental sur un site sélectionné (avec une ou deux espèces prioritaires, en fonction de la faisabilité opérationnelle) permettra de suivre la croissance, la survie, le rendement en biomasse, les conditions environnementales et les exigences opérationnelles. Ces données empiriques serviront à affiner les analyses de capacité de charge et de faisabilité, renforçant ainsi la solidité des recommandations.
Les résultats attendus comprennent un cadre documenté de sélection et de classement des espèces par ordre de priorité ; des cartes d’aptitude géoréférencées ; des niveaux de capacité de charge spécifiques à chaque site ; des jeux de données sur les performances des essais ; des résultats sur la faisabilité socio-économique ; ainsi qu’un ensemble intégré d’outils d’aide à la décision pour un développement sectoriel progressif et à faible impact. Au-delà de sa contribution scientifique, le projet est conçu pour une mise en œuvre pratique grâce à l’implication des parties prenantes à des étapes clés et à des produits de communication axés sur les politiques. La thèse fournira la première base de données factuelles intégrée pour la planification de l’algoculture à Mohéli et une référence méthodologique transposable à d’autres petites îles de l’océan Indien occidental confrontées à des contraintes similaires en matière de données et de gouvernance.
Contacts
- Directrice de thèse : Maria Darias – maria.darias@ird.fr
- Co-encadrante : Myriam Callier – myriam.callier@ifremer.fr
Candidatez sur la plateforme de recrutement de l’IRD : https://emploi-recrutement.ird.fr/offre-de-emploi/emploi-contrat-doctoral-en-evaluation-integree-de-l-algoculture-f-h-_716.aspx
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