Entre août et novembre 2026, deux doctorantes de la première grappe de thèses BRIDGES prennent part à des missions scientifiques dans les îles Éparses. De l’analyse de l’ADN environnemental au suivi des déplacements de poissons et de tortues marines, leurs travaux contribueront à mieux comprendre les liens entre les écosystèmes du sud-ouest de l’océan Indien et à éclairer les stratégies de conservation.

Du 8 août au 8 septembre 2026, Océane Desbonnes a embarqué à bord de l’Osiris II, navire patrouilleur des affaires maritimes, avec une double casquette : celle de l’Agence de Recherche pour la Biodiversité à La Réunion (ARBRE) et celle de BRIDGES, quelques semaines avant le début de sa thèse.

Cette campagne s’inscrivait dans le projet MARIO, porté par les Terres australes et antarctiques françaises (TAAF), avec le soutien de l’Agence française de développement et de l’Union européenne. Son objectif : améliorer la connaissance et le suivi des écosystèmes marins des îles Éparses, notamment les habitats et le rôle écologique des monts sous-marins et des pentes externes des îles Éparses, encore peu documentés, afin d’éclairer leur protection et leur gestion. Plusieurs protocoles scientifiques ont été déployés, notamment des mesures de température et de conductivité de l’eau, destinées à contribuer au suivi des effets du changement climatique sur les milieux marins et les récifs coralliens.

Identifier les espèces à partir des traces qu’elles laissent dans l’eau

Biologiste marine de formation et secrétaire de l’association ARBRE depuis quatre ans, Océane participe à ses projets consacrés à la biodiversité marine, notamment par l’utilisation de l’ADN environnemental, ou ADNe.

Cette méthode repose sur la collecte de fragments d’ADN laissés par les organismes dans leur environnement, par exemple à travers leur mucus, leurs déjections ou leurs cellules. Prélevés dans des échantillons d’eau, ces fragments sont ensuite analysés en laboratoire par métabarcoding afin d’identifier les espèces détectées. Cette approche non invasive permet ainsi de documenter la biodiversité sans capturer les animaux.

À bord de l’Osiris II, Océane a réalisé 12 échantillonnages d’eau de mer, sur les pentes externes de Juan de Nova, Bassas da India et Europa, ainsi que sur la chaîne de monts sous-marins Sakalave. Ces prélèvements seront comparés à ceux qu’elle avait précédemment effectués sur la dorsale du sud-ouest de l’océan Indien, afin de contribuer à l’étude des liens écologiques entre ces écosystèmes.

Figure 3 : Protocole de prélèvement d’ADNe à bord de l’OSIRIS II. 1) Prélèvement de 50L d’eau de mer. 2) Filtration de l’eau de mer à travers la capsule pourvue d’un filtre pour capturer l’ADNe, à l’aide d’une pompe (l’eau filtrée est ensuite rejetée). 3) Récupération de la capsule et ajout de la solution de préservation de l’ADNe. 4) Bouchage de la capsule pour éviter les contaminations avec l’ADN humain. 5) Secouage de la capsule afin de mettre l’ADNe en suspension dans la solution de préservation. 6) Etiquetage de la capsule (numéro d’échantillon et date). 7) Conservation à une température de -20°C de la capsule pour une conservation optimale de l’ADNe.

Une première immersion pour préparer sa thèse BRIDGES

Cette mission a également constitué une entrée sur le terrain pour Océane, qui a commencé sa thèse SWIOMPA en octobre 2026 à l’Institut des géosciences de l’environnement, sous la direction de Pierre Brasseur (CNRS, IGE), d’Ignacio Palomo (IRD, IGE) et de Hugo Deléglise (IRD, IGE).

Financée dans le cadre de la première grappe de thèses BRIDGES, sa thèse SWIOMPA porte sur la planification intégrée des aires marines protégées dans le sud-ouest de l’océan Indien. Elle vise à concilier conservation de la biodiversité et maintien des services écosystémiques, notamment ceux qui soutiennent la pêche artisanale.

La campagne lui a permis d’engager de premiers échanges avec des parties prenantes qu’elle retrouvera dans le cadre de son travail de thèse, notamment les Terres Australes et Antarctiques Françaises (TAAF) et la Direction de la Mer Sud Océan Indien (DMSOI). En effet, des ateliers de co-construction seront organisés avec les institutions, scientifiques, pêcheurs et communautés locales dans un objectif d’identifier et d’intégrer les besoins et contraintes locaux en termes de planification des aires marines protégées. Elle a également pu se familiariser avec les enjeux de biodiversité, de pêche et de gestion de la région et des aires marines protégées associées, notamment à Mayotte et dans les îles Éparses. Autant d’éléments qui nourriront sa recherche, rattachée au site régional de BRIDGES.

Océane remercie ARBRE, la DMSOI, l’équipage et les équipes scientifiques embarquées pour leur accompagnement tout au long de cette mission.

Du 1er au 14 novembre 2026, Juliette Debarge participe à une mission à Europa, dans les TAAF, pour mettre en place un dispositif de suivi des déplacements de plusieurs espèces marines.

Cette première mission s’inscrit dans sa thèse ACCRO – encadrée par Jérôme Bourjea (Ifremer, MARBEC), Taryn Murray (SAIAB) et Tarek Hattab (Ifremer, MARBEC) – , issue de la première grappe de thèses BRIDGES. Elle mobilise la télémétrie acoustique pour mieux comprendre la connectivité des espèces (tortues marines et poissons) et éclairer leur gestion transfrontalière. Sa zone d’étude couvre la frontière maritime entre le Mozambique et l’Afrique du Sud, l’île Europa dans les îles Éparses, ainsi que les Comores.

Un réseau d’écoute pour observer les déplacements dans la durée

La mission prévoit l’installation de 20 hydrophones, qui resteront opérationnels pendant au moins trois ans. Ces récepteurs sous-marins détecteront les signaux émis par des marques acoustiques placées sur les animaux lorsqu’ils passeront à leur portée.

Le programme de marquage prévoit pour chaque cible :

• 80 poissons appartenant à espèces de poissons pélagiques côtiers : la carangue à grosse tête (Caranx ignobilis), la carangue bleue (Caranx melampygus), le thazard rayé (Scomberomorus commerson) et le wahoo (Acanthocybium solandri) ;
• 60 tortues vertes (Chelonia mydas), juvéniles et adultes ;
• 30 tortues imbriquées (Eretmochelys imbricata), au stade juvénile.

Selon les individus et les espèces, les marques pourront émettre pendant une période allant d’un an et demi à plus de dix ans. Les données recueillies permettront de comparer l’utilisation des habitats d’Europa entre espèces et au fil des mois, des saisons et des années.

Figure 4 : Localisation prévisionnelle des hydrophones dans la mangrove d’Europa, sur le platier et le tombant.

Comprendre les connexions entre les territoires

A terme, l’analyse des données permettra une cartographie comparée mensuelle, saisonnière, annuelle et pluriannuelle de l’utilisation de l’habitat disponible dans les eaux d’Europa par ces espèces. Au-delà des déplacements autour d’Europa, les scientifiques chercheront à identifier d’éventuelles migrations régionales et des connexions avec d’autres sites, protégés ou non, du sud-ouest de l’océan Indien.

Ces résultats contribueront à mieux comprendre la connectivité écologique à l’échelle du site régional de BRIDGES : comment les animaux utilisent-ils les différents habitats ? Quels espaces fréquentent-ils au cours de leur vie ? Dans quelle mesure leurs déplacements relient-ils plusieurs sites de conservation ? Ces connaissances sont essentielles pour éclairer les stratégies régionales de protection de la biodiversité.

La mission associe l’UMR MARBEC (l’Ifremer, le CNRS et l’IRD), les TAAF, le South African Institute for Aquatic Biodiversity (SAIAB), Kélonia (l’observatoire des tortues marines de La Réunion) et le Centre d’étude et de découverte des tortues marines (CEDTM). Elle contribue également au projet HOME (Habitat Of Marine turtlEs), porté par le CEDTM et financé par le programme INTERREG VI Océan Indien.